Le référentiel applicable à l'assurance qualité integrée en aquaculture est basée sur le référentiel EurepGAP applicable à l'assurance qualité integrée en agriculture. Il se présente sous la forme de modules permettant à l'éleveur deréaliser un seul audit pour plusieurs produits à l'un des trois niveaux en fonction du/es marché(s) qu'il approvisionne tel que cela est également le cas dans le référentiel applicable à l'assurance qualité integrée en agriculture.